Obchodząca swoje 90-lecie synagoga wraz z całym kompleksem Jeszywas Chachmej Lublin (Jesziwa Mędrców Lublina) została zbudowana w 1930 roku. Poza funkcjami religijnymi pełniła także rolę auli wykładowej mogącej pomieścić ponad 200 studentów. Podczas II wojny światowej synagoga została zdewastowana przez hitlerowców, a jej cenne wyposażenie zniszczono. Dziś ponownie pełni funkcję domu modlitwy służąc społeczności żydowskiej.

Po zakończeniu wojny budynek Jesziwy został przejęty przez Akademię Medyczną, która pomieszczenie po synagodze wyremontowała i dostosowała do potrzeb auli. Zmieniono wówczas kolorystykę ścian i kolumn oraz zamurowano okna znajdujące się na ścianie wschodniej.

Jesienią 2003 roku budynek został zwrócony Gminie Wyznaniowej Żydowskiej w Warszawie, która podjęła decyzję o rekonstrukcji synagogi. Na podstawie przedwojennych zdjęć odtworzono oryginalną kolorystykę kolumn, przywrócono okna na ścianie wschodniej, odtworzono bimę oraz schodki do aron ha-kodesz, które otacza kuta balustrada i inne elementy.

Otwarcie synagogi po remoncie nastąpiło 11 lutego 2007 roku. Była to pierwsza tego typu uroczystość w powojennej Polsce, ponieważ rekonstrukcja wnętrza synagogi została w całości sfinansowana przez polską społeczność żydowską.

Podczas uroczystości przybito dwie repliki mezuz z wizerunkiem Orła Polskiego – jedną na drzwiach wejściowych do Jesziwy, a drugą na drzwiach synagogi (oryginał mezuzy został podarowany podczas otwarcia w 1930 roku przez cadyka z Czortkowa, Israela Friedmana). Następnie rabin Michael Schudrich wniósł zwoje Tory, które zostały ufundowane 17 czerwca 2005 roku przez mieszkających w Stanach Zjednoczonych Harleya i Marie Lippman z okazji bat micwy ich córki Juliet.
Założycielem Jeszywas Chachmej Lublin był rabin Jehuda Majer Szapira, urodzony w 1887 roku w Suczawie na Bukowinie (dzisiejsza Rumunia) w rodzinie wybitnych badaczy Tory. Jego ojcem był rabin Yaakov Szimszon, prawnuk rabina Pinchasa Szapiry z Korca. W 1924 roku, podczas I Światowego Kongresu Agudath Israel w Wiedniu, rabin Majer Szapira wprowadził przełomową koncepcję „Daf Yomi”, która zakładała codzienne studiowanie jednej karty Talmudu Babilońskiego przez Żydów na całym świecie. Cały cykl trwa siedem i pół roku. Ta tradycja jest żywa do dziś.
Synagoga Jesziwas Chachmej Lublin stanowi część historycznego kompleksu przedwojennej żydowskiej szkoły religijnej. W budynku mieści się dziś Hotel Ilan.