Synagoga wraz z całym kompleksem Jeszywas Chachmej Lublin (Jesziwa Mędrców Lublina) została zbudowana w 1930 roku. Założycielem Jeszywas Chachmej Lublin był rabin Jehuda Majer Szapira, urodzony w 1887 roku w Suczawie na Bukowinie (dzisiejsza Rumunia) w rodzinie wybitnych badaczy Tory. Jego ojcem był rabin Yaakov Szimszon, prawnuk rabina Pinchasa Szapiry z Korca. Poza funkcjami religijnymi pełniła także rolę auli wykładowej mogącej pomieścić ponad 200 studentów. Podczas II wojny światowej synagoga została zdewastowana przez hitlerowców, a jej cenne wyposażenie zniszczono. Dziś ponownie pełni funkcję domu modlitwy służąc społeczności żydowskiej. Po zakończeniu wojny budynek Jesziwy został przejęty przez Akademię Medyczną, która pomieszczenie po synagodze wyremontowała i dostosowała do potrzeb auli. Zmieniono wówczas kolorystykę ścian i kolumn oraz zamurowano okna znajdujące się na ścianie wschodniej… – te i wiele innych opowieści o budynku uczelni, którą określano mianem Oxfordu Wschodu usłyszeć będzie można podczas zwiedzania zakamarków Jesziwy Mędrców Lublina.